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使用 pydicom 和 matplotlib 查看 DICOM 图像

原文:https://www.geeksforgeeks.org/view-DICOM-images-using-pydicom-and-matplotlib-2/

先决条件:T2【马特洛特利

DICOM 代表医学中的数字成像和通信。引入 DICOM 文件是为了保持不同类型医学图像模式的一致性。它是查看、存储、共享和检索医学图像的标准格式。

Python 提供了一个强大的模块 pydicom 来处理医学图像、报告和放射治疗对象等 dicom 文件。 pydicom 读取、修改和写入 dicom 文件中的数据。

装置

在命令提示符下运行以下命令:

pip 安装 dicom

pip install matplotlib

pydicom 使我们能够处理 dicom 文件，在本文中我们将讨论使用 pydicom 和 matplotlib 查看 DICOM 文件的机制。为了读取 DICOM 文件，我们使用 pydicom 包，为了查看结果，我们使用 matplotlib。

给定输入

存储 dicom 文件的路径作为参数传递给 data_manager.get_files 方法。

将 pydicom 与 matplotlib 一起使用

解释:

  • 导入模块
  • 使用py DICOM.data.data_manager.get_files()方法读取 DICOM 文件

语法:

py DICOM.data.data_manager.get_files(base，pass_dicom)[0]

参数:

  • Base : 是以字符串形式递归搜索的基目录。
  • 模式:默认为“*”。这是一个字符串模式，用于过滤文件。
  • 提供两个参数:基础和模式
  • 将数据显示为图像，即在 2D 常规栅格上。
  • 显示图像

注意:在变量名库中输入除文件名以外的 dcm 文件的位置，在 pass_dicom 变量中输入文件名。在这种情况下，文件存储在一个名为 dicom_image 的目录中，如图所示:

从这里下载 dcm 文件，重命名为:1-12.dcm

将地址栏中显示的路径与变量 base 和 pass_dicom 中存储的值进行比较

程序:

蟒蛇 3

```py import matplotlib.pyplot as plt import pydicom import pydicom.data

Full path of the DICOM file is passed in base

base = r"C:\Users\Ajit Gupta\Documents\dicom image" pass_dicom = "1-12.dcm"  # file name is 1-12.dcm

enter DICOM image name for pattern

result is a list of 1 element

filename = pydicom.data.data_manager.get_files(base, pass_dicom)[0]

ds = pydicom.dcmread(filename)

plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)  # set the color map to bone plt.show() ```

输出:

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